Projekt J3-2532
Bradikininski angioedem: novi biološki označevalci in genetska predizpozicija
Raziskovalni projekt ARRS.
Evidenčna številka: J3-2532
Obdobje 1.9.2020 - 31.8.2023
Vodja: Doc. dr. Matija Rijavec, univ. dipl. mikr.
Raziskovalna dejavnost: Medicina/Reprodukcija človeka
Letni obseg: 0,23 FTE v 2020
Seznam sodelujočih raziskovalnih organizacij: Univerzitetna klinika za pljučne bolezni in alergijo Golnik; Univerza v Ljubljani, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo; Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta
Sestava projekte skupine.
Vsebinski opis projekta
Angioedem (AE) je stanje, za katerega je značilen nenaden pojav lokalizirane otekline podkožja ali sluznic. Nastane kot posledica vazodilatacije in povečane permeabilnosti žil. Klinična slika zajema otekanje obraza, vek, ustnic, grla, jezika, spolovil in gastrointestinalnega trakta. AE se pogosto pojavlja skupaj z urtikarijo oz. koprivnico. Če se ponavljajoč AE razvije brez izrazite urtikarije, ima tak bolnik izolirani/primarni AE. Po ocenah, naj bi bila prevalenca, da bo posameznik doživel vsaj en izolirani AE v življenju celo do 10 %.
V veliki meri (okrog 70 %) je bolezen posredovana z mediatorji mastocitov, kot je histamin (histaminergični AE, H-AE). Za zdravljenje se uporabljajo antihistaminiki in kortikosteroidi. V pomembnem deležu (okrog 30 %) pa je bolezen posredovana preko bradikinina (bradikininski angioedem, Bk-AE), na kar se osredotoča omenjeni projekt. Bk vpliva na vazodilatacijo in povečano propustnost kapilar. Motnje v uravnavanju metabolizma Bk vodijo do različnih vrst pridobljenih in dednih (hereditarnih) ponavljajočih se AE, ki se ne odzivajo na antihistaminike in kortikosteroide. Za zdravljenje se uporabljajo terapije, ki vplivajo na pot Bk.
Kar 50 % bolnikov z AE ima napačno postavljeno diagnozo. Največjo oviro predstavlja ravno razlikovanje med alergijskim (H-AE) in ne-alergijskim AE (Bk-AE). Pogosto poteče veliko časa od pojava simptomov do postavitve pravilne diagnoze. Če bolniki z AE niso zdravljeni, oziroma niso zdravljeni pravilno, so lahko otekanja pogosta, kar zelo poslabša kvaliteto življenja. Bolniki, so zaradi simptomov omejeni več tednov na leto, kar predstavlja tudi velik ekonomski problem. Najbolj zaskrbljujoč je AE grla, saj lahko napačno zdravljenje vodi do smrti zaradi zadušitve. Ker različne vrste AE, do katerih pride zaradi različnih vzrokov, zahtevajo drugačno zdravljenje, je postavitev pravilne diagnoze ključnega pomena za preprečitev nadaljnjega trpljenja teh bolnikov. Razlikovanje med Bk-AE od H-AE, ostaja najpomembnejši in zelo pogost problem, s katerim se zdravniki soočajo, med klinično obravnavo AE, saj je razlikovanje zelo omejeno zaradi pomanjkanja diagnostičnih testov. Diagnoza je zato pogosto postavljena z izključitvijo drugih, alternativnih diagnoz, kar je, kot že omenjeno, povezano z napačno in zapoznelo postavitvijo diagnoze.
Projekt nam bo omogočil določiti klinično uporabne biološke označevalce za razlikovanje med Bk-AE in H-AE. Tako bomo lahko izbrali bolnike, katerim bo koristilo zdravljenje s tarčno terapijo, ki vpliva na pot Bk. Velik del projekta bo usmerjen k identifikaciji genetske predispozicije in dejavnikov, ki vplivajo na različno izražanje bolezni pri Bk-AE, kar nam bo pomagalo pri boljšem razumevanju osnovnih mehanizmov. S tem nam bo omogočeno boljše razumevanje in spremljanje bolnikov z AE.
V projektu bomo izvedli več med seboj povezanih aktivnosti, ki bodo razdeljene na različne konceptualno podobne dele (delovne pakete, WP). Zajemali bodo vključitev bolnikov in celovito klinično opredelitev, kateri bo sledilo odkrivanje in validacija klinično uporabnih bioloških označevalcev za razlikovanje med Bk-AE in H-AE (WP1 in WP2). To nam bo omogočilo izbrati bolnike, katerih tarčno zdravljenje vpliva na pot Bk. Velik del projekta bo usmerjen k identifikaciji genetskih dejavnikov oz. genetske predispozicije za Bk-AE (WP3 in WP4) ter dejavnikov, ki vplivajo na različno izražanje bolezni (WP5), z uporabo različnih dopolnjujočih se strategij in metod. Temu bo sledila tudi osnovna funkcionalna karakterizacija (WP6) novo identificiranih različic (v znanih s HAE povezanih genih in v novo odkritih genih). Končni cilj projekta je identifikacija biokemijskih označevalcev in genetske predispozicije, vključno z genetskimi dejavniki, ki vplivajo na izražanje Bk-AE, kar nam bo pomagalo pri boljšem razumevanju osnovnih mehanizmov bolezni. S tem pa nam bo omogočeno boljše spremljanje bolnikov z AE.
Časovnica projekta
|
Leto 1 |
Leto 2 |
Leto 3 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||
|
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
WP1 |
T1.1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T1.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
WP2 |
T2.1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T2.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T2.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
WP3 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T3.1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T3.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
WP4 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T4.1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T4.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T4.3 |
|
|
|
|
|
|
WP5 |
T5.1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T5.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T5.3 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T5.4 |
|
|
|
|
|
|
WP6 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T6.1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T6.2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
T6.2 |
|
|
|
|
|
|
Faze projekta in njihova realizacija
Delovni paket (WP) |
Naloge (T) |
Mejniki in Rezultati |
Razpored dela |
WP1 Določitev klinično uporabnih biokemijskih označevalcev |
T1.1 Vključitev dobro opredeljenih bolnikov z Bk-AE & H-AE |
Vzorci približno 100 bolnikov, klinični in laboratorijski podatki |
Klinika Golnik |
T1.2 Določitev stimulirane kalikreinske aktivnosti in cHMWK |
Ovrednotenje klinične uporabnosti biokemičnih označevalcev |
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, UL, Klinika Golnik |
|
WP2 Validacija biokemijskih označevalcev) |
T2.1 Vključitev nove skupine dobro opredeljenih bolnikov z AE |
Vzorci približno 300 bolnikov, klinični in laboratorijski podatki |
Klinika Golnik |
T2.2 Določitev biokemijskih označevalcev |
Ovrednotenje klinične uporabnosti biokemičnih označevalcev na veliki skupini bolnikov |
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, UL, Klinika Golnik |
|
WP3 Določitev genetskih dejavnikov v znanih genih povezanih s HAE |
T3.1 WES na vzorcih bolnikov z Bk-AE |
Izvedba WES pri izbranih bolnikih z Bk-AE (iz WP1 & WP2) |
Klinika Golnik |
T3.2 Analiza WES za znane gene povezane s HAE |
Rezultati WES Določitev vzročnih različic v znanih genih povezanih s HAE (SERPING1, F12, PLG, ANGPT1, KNG1) |
Klinika Golnik |
|
WP4 Iskanje novih genetskih dejavnikov odgovornih za HAE |
T4.1 Vključitev bolnikov |
Vzorci DNA, klinični in laboratorijski podatki, izbrane družine |
Klinika Golnik |
T4.2 WES pri bolnikih z U-HAE |
Rezultati WES Odkritje novih genetskih dejavnikov odgovornih za U-HAE |
Klinika Golnik |
|
T4.3 Ponovna analiza WES (iz WP3) |
Rezultati ponovne analize WES Potrditev novih vzročnih različic pri ostalih bolnikih z Bk-AE |
Klinika Golnik |
|
WP5 Identifikacija genetskih dejavnikov, ki vplivajo na različno izražanje bolezni |
T5.1 Vključitev bolnikov |
Vzorci biobanke DNA bolnikov s C1-INH-HAE (različna teža bolezni, asimptomatski) |
Klinika Golnik |
T5.2 WES pri izbranih bolnikih z C1-INH-HAE |
Rezultati WES Odkritje genetskih dejavnikov (različic/genov), ki vplivajo na težo in penetranco bolezni pri bolnikih s C1-INH-HAE |
Klinika Golnik |
|
T5.3 Genotipizacija izbranih različic za celotni skupini bolnikov z C1-INH-HAE |
Potrditev relevantnosti različic/genov, ), ki vplivajo na težo in penetranco bolezni na večji skupini bolnikov s (>150 bolnikov) |
Klinika Golnik |
|
T5.4 Ponovna analiza WES (iz WP3) |
Rezultati ponovne analize WES Potrditev genetskih dejavnikov (različic/genov), ki vplivajo na težo pri ostalih bolnikih z Bk-AE |
Klinika Golnik |
|
WP6 Biološka in funkcionalna analiza |
T6.1 Bioinformatika |
In silico napoved funkcionalnosti identificiranih variant/genov |
Klinika Golnik, Medicinska fakulteta, UL |
T6.2 Funkcionalna analiza |
Funkcionalna analiza različic (metoda odvisna od predvidenega vpliva različice na protein) |
Klinika Golnik, Medicinska fakulteta, UL
|